Маргарита Еськина, уроженка Санкт-Петербурга, закончила в родном городе музыкальное училище им. Римского-Корсакова, где занималась не только основным инструментом — фортепиано, но и органом (класс Ю. Семенова) и клавесином (класс В. Радченкова). Интерес к игре на этих инструментах послужил причиной поступления 2002 году в РАМ имени Гнесиных в класс органа профессора А. Фисейского. Позже, в 2011 году, там же было окончено и обучение в аспирантуре.

За годы обучения в РАМ Маргарита Еськина стала дипломантом международного конкурса органистов (Санкт-Петербург, 2005) и лауреатом открытого конкурса органистов (Санкт-Петербург, 2007). После обучения — обладателем специальной премии «Надежда Отечества» международного конкурса органистов им. М. Таривердиева (Москва — Калининград, 2011), обладателем специальной премии «Torre di Babele» международного конкурса молодых органистов Soli Deo Gloria (Москва, 2012).

Совместно с А. Фисейским в Германии была произведена запись CD с органными транскрипциями оперных сочинений Рихарда Вагнера. В составе Волгоградского Симфонического оркестра участвовала в записи оркестровых сочинений швейцарского композитора Б. Райшеля.